阿克蘇職業技術學院醫學院于1959年建立，學校是一所公辦普通專科高等院校。辦學數十年，學校各項基礎條件完善，師資力量雄厚，學校建筑面積達3400平方米擁有集教學—訓練—考評—培訓—服務“五位一體”的臨床醫學類基礎和專業實訓室30間，可完成臨床基礎課程和專業課程的實訓教學。并且與疆內38家醫療衛生機構簽訂了院校合作實習實訓協議，可滿足全部學生100%臨床見習與實習的需要。

目前，醫學系設有高護專業（含助產方向）包括：三年普通高職、五年一貫制高職、成人高職，另還保留原中專專業：護理、藥劑、助產等。2005年8月醫學系與上海二醫大衛校簽定聯合辦學協議，聯合舉辦中專護理、醫學檢驗、口腔工藝 等三個專業；另外，醫學系作為石河子大學的辦學點，與石河子大學醫學院簽定聯合辦學協議，辦有臨床醫學大專、本科，護理本科。

醫學系護理專業作為學院發展的重點專業之一,現有獨立的教學、實驗大樓。有較完善的校內實驗實訓基地，如：解剖、生化、藥理、生理、病理、微生物與免疫、基礎護理、臨床示教等實驗室。學院非常重視對醫學系教學投入，在2003年就投入近50萬元為護理專業購置設備，加強實驗室的建設。

直升專報考條件：符合普通高考報名條件的中等職業教育應屆畢業生。所有考試科目平均成績排名在同年級同專業學生前20%以內（可不含最后一學期成績），無掛科，如果個別學生書面聲明放棄報考，可順次遞補（30%之內）。

三校生報考條件：參照新教基【2017】25號文件《關于印發《新疆維吾爾自治區2018年普通高校招生報名工作規定》的通知執行