院校科研實力雄厚，醫學科研包括基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、藥物以及與醫藥學有關的生物、物理、化學等相關學科，覆蓋了醫學科學各領域。擁有5個國家級重點實驗室、10個部門開放實驗室、2個國家工程技術研究中心、1個國家工程研究中心、1個國家工程實驗室、21個其他省市重點實驗室和工程技術中心、6個博士后科研流動站。“十一五”期間，承擔各類科研項目共計6367項，累計獲科研項目資助額達22.1億，其中國家級科研項目資助金額占61%；累計獲各類科技獎勵成果199項，其中國家科學技術獎24項；累計獲準專利215項，新藥證書7項；累計發表SCI論文3877篇，位居全國醫學院校之首。

院校擁有6所直屬醫院（北京協和醫院、阜外心血管病醫院、腫瘤醫院、整形外科醫院、血液病醫院和皮膚病醫院）和一所共建醫院（北京天壇醫院），病床近5328張，集綜合性醫院和專科醫院于一體，在心血管疾病、惡性腫瘤、血液病、疑難皮膚病、遺傳性疾病、器官再造、自身免疫性疾病、內分泌疾病等重大疑難疾病的診治方面達到國內領先和國際先進水平，形成了國內外聞名的醫療、教學和科研緊密結合的醫療服務體系。眾多著名醫學專家是院校高超醫療水平的集中體現，他們是國家醫療保健委員會、國家醫學考試委員會、國家醫療事故鑒定專家委員會、中華醫學會的核心力量，也是我國醫療新技術、新標準的倡導者和開拓者。

院校圖書館是我國歷史悠久、藏書最為豐富的醫學專業圖書館，被譽為“協和三寶”之一。2000年被指定為國家科技圖書文獻中心醫學分中心，也是聯合國世界衛生組織衛生與生物醫學信息合作中心。藏書以生物醫學書刊為主，總量超過50萬冊，其中尤以外文醫學期刊較為豐富，許多重要期刊都是從創刊號成套入藏，目前外文醫學期刊收訂達5000余種。此外，還藏有千余部中醫古籍。所擁有的中國醫學文獻分析和檢索系統面向全國開放，豐富的館藏資源為教學、科研和醫療工作提供了寶貴的資料和信息平臺。

院校十分重視開展國際學術交流與科技合作，與數十個國家（或地區）的醫學院校和科研機構建立了科研、教育、醫療領域的合作關系，有200余名國外專家學者被授予名譽教授或客座教授，其中包括數位諾貝爾獎獲得者。經國務院學位委員會批準，我校分別授予馬耳他共和國前總統文森特•塔博恩和美國中華醫學基金會前主席布坎南、施瓦茨名譽醫學博士學位。美國前總統克林頓、世界衛生組織前總干事李鐘郁先生都曾到院校訪問交流。自1985年以來，我校相繼與美國哈佛大學醫學院、美國加州大學舊金山分校醫學院、美國密歇根大學醫學院、澳大利亞西澳大學醫學院及香港中文大學醫學院簽訂了校際交流協議，彼此交換高年級學生到對方學校進行短期臨床學習。經國家教育部批準，1993年起學校可自行接收政府計劃外自費留學生，1997年起又獲準招收我國臺灣、香港和澳門地區學生來校學習。目前，院校已成為國際醫學科學研究組織正式成員單位。

在2002年教育部、衛生部簽署共建協議的基礎上，在國務院領導同志和教育部、衛生部的大力支持和推動下，2006年9月，我校與清華大學實行緊密合作辦學，可同時使用“北京協和醫學院--清華大學醫學部”作為第二名稱，學校仍為獨立法人單位，并進入“211”和“985”工程建設行列。兩校強強聯合辦學，共同探求中國高等醫學教育改革的創新模式。

在中華民族實現偉大復興的歷史進程中，面對前所未有的戰略發展機遇，院校確立了將北京協和醫學院建設成為國內一流、國際知名的以精英教育為特色的研究型醫學院校，將中國醫學科學院創建成為中國醫學科學研究創新體系核心基地和新型國家醫學科學院的戰略發展目標。我們堅信：院校幾代人同心同德、和衷共濟、勤奮耕耘、開拓創新，一定能夠實現自己的宏偉目標，一定能夠為我國醫學科學事業和高等醫學教育事業作出新的更大貢獻！